Ha sido habitado desde la época precolombina y fue el sitio donde se fundó la villa de San Salvador en 1528, aunque tuvo una existencia breve. En 1786, Suchitoto ingresó al Partido de San Salvador de la Intendencia de San Salvador. Después de la firma de los Acuerdos de Paz de Chapultepec en 1992, Suchitoto inició su proceso de reconstrucción y el retorno de sus habitantes, convirtiéndose desde entonces en un emblema turístico de El Salvador. Fue declarado Sitio Histórico Nacional en 1975.